1. 출연연구소의 임무와 역할 정립 방안

출연연구소의 임무는 산업경쟁력을 강화시켜 국가 경제발전을 이룩하기 위하여 전략적으로 수행하고자 하는 첨단 과학기술의 R & D를 최우선으로 선도하고 이와 더불어 국민복리 증진을 위한 환경, 에너지 의료 등의 공익적 R & D를 선도적으로 수행하는 역할을 담당

급변하고 있는 세계경제흐름 속에 기술만이 산업발전과 국가경쟁력을 향상시킬 수 있는 가장 중요한 요소라는 점에서 기술을 효율적으로 개발할 수 있는 출연(연)의 역할이 필요함
2. 연구예산 지원제도의 개선방안

현재 우리나라 출연(연)에 대한 재정지원은 기본연구비(출연금)와 국가정책연구비(국책연구비)의 이분적인 구조를 가지고 있음

그 대부분의 예산이 과기부, 산자부, 정통부 등 정부부처의 국가정책 연구사업비로 투입되었으며, 국무총리실 소관의 출연연구기관에 대한 지원예산은 구조조정 차원에서 해마다 감축되어 왔음

우리나라의 사회경제적 여건을 충분히 고려하지 않은 채 PBS제도를 획일적으로 도입하여 결과적으로는 출연연구기관이 국제적, 국내적 경쟁에서 뒤쳐지게 되었음

국가전략적 대형과제는 출연(연)미션에 따라 출연(연)에서 수행하도록 제도화함으로써 출연(연)에 대한 안정적인 재정지원을 통하여 출연(연)의 경쟁력을 제고시켜야 함
3. 출연(연)의 인사정책 개선방안

현재 출연(연) 연구원에게 적용되고 있는 계약제 인사제도는 과학자들의 조기이직을 막아 출연(연)에 장기간 기여하도록 하기 위해 미국으로부터 도입된 것으로 미국에서 시행되고 있는 Tenure제도도 같이 도입하여 활용하여야 할 것임

현재 출연(연) 인사제도에서 61세정년을 획일적으로 규정화하여 적용하는데 문제가 있음
4. 이사회 체제의 개선방안

현 이사회 체제의 문제점은 출연(연)에 대한 안정적인 재정 지원을 할 수 있는 제도가 뒷받침되고 있지 않아 그 기능이 유명무실해졌고 결국 이사장직은 출연(연)의 추가된 상위적 존재로 전락한 셈임

그러므로 현 연합이사회 제도의 당초 취지에 따라 연합이사회에 출연(연)에 대한 예산권과 감독권을 전폭적으로 이양하여 제도화함으로써 이사회 체제를 활성화시켜야 함